台湾居民若有取得大陆地区来源所得，应在每年5月份个人综合所得税结算申报时，并同申报。不过为了不让两边都课税的情形发生，如果在大陆已经缴过所得税，可以从应纳税额中扣抵，避免造成重复课税。

经常往返大陆的台干，如果属于台湾的税务居民，必须申报个人综合所得税，通常就不会视为是大陆的税务居民。当地来源的大部分收入，也会是就源扣缴，譬如当地给出的薪资扣缴单，就是完税证明之一。

举例来说，假设有位上班族因为业务需求，必须往返两岸，他去年在大陆地区的收入，折合新台币约为10万元，已经被大陆就源扣缴所得税；而他今年在申报个人综合所税时，计算多项扣除额后，适用的综所税税率为5%，那他即便列报合格的大陆地区完税证明，还是只能抵减新台币5,000元应纳税额。

抵税时必须注意另一个重点，即是可以扣抵的综所税税额，最高不能超过因加计大陆地区来源所得而增加的应纳税额。

综上所述，台湾居民有大陆地区来的收入时，在每年五月份个人综合所得税结算申报时需特别注意，不论金额多少，皆需要并入个人所得申报(非属海外所得, 属境内所得)。扣抵在大陆已经缴纳的所得税时，需要准备下列文件：

(1)	大陆出示的完税证明
(2)	完税证明，必须经过台湾海基会的认证
(3)	可以扣抵的综所税税额，最高不能超过因加计大陆地区来源所得而增加的应纳税额

启源提醒，每年申报个人综合所得税时，虽然国税局可以提供许多所得资料查询，但大陆地区来源所得并不在查询范围，台商或台干应主动申报，漏报或未申报被查获，不只会补税，还会面临额外的罚款。